개정 시행령의 주요 내용은 다음과 같다.

첫째, 감염병 진단분석 정책의 전문성을 제고하기 위하여 국가 감염병 진단분석 종합계획 및 감염병 진단검사 대응정책 등을 심의·자문하는 ‘감염병 진단분석 전문위원회’가 신설된다(시행령 제7조).

둘째, 예방접종의 안전성을 검토하기 위하여 예방접종의 효과와 접종 후 이상반응에 대한 장·단기적 영향 조사 등을 질병관리청장이 인정하는 전문기관에 위탁할 수 있도록 하는 근거가 마련된다(시행령 제32조).

동 시행령은 공포와 함께 즉시 시행된다.